Ответ на данный вопрос содержится в п. 12 письма Минпросвещения РФ от 28.05.2020 г.№ВБ-1159\08: «Периоды осенних, зимних, весенних и летних каникул, установленные для обучающихся общеобразовательных организаций, а также периоды отмены (приостановки) для обучающихся занятий по санитарно-эпидемиологическим, климатическим и другим основаниям, не совпадающие с ежегодными основными удлиненными оплачиваемыми и ежегодными дополнительными оплачиваемыми отпусками педагогических работников, являются для работников рабочим временем.

За время работы в указанные периоды оплата труда педагогических работников производится из расчета заработной платы, установленной при тарификации, предшествующей началу каникул или периоду отмены (приостановки) для обучающихся занятий по указанным выше причинам с учетом денежного вознаграждения в размере 5000 рублей и других выплат за классное руководство».

Таким образом, доплата за классное руководство должна выплачиваться педагогам и во время каникул, и во время карантина. Перерыв в выплате федеральной надбавки незаконен. Исключением является только время отпуска работника.